A mai növénytermesztési eljárásokban műtrágyával dolgoznak a gazdálkodók, mellyel a földből kivont tápanyagok egy részét juttatják csak vissza, az úgynevezett makroelemeket, ugyanakkor a kisebb mennyiségben előforduló, de az élet szempontjából nélkülözhetetlen elemek nem kerülnek pótlásra. Így az élelmiszerekben ezekkel az elemekkel már nem találkozhatunk. A biogazdálkodás során a sokoldalú, harmonikus tápanyag-gazdálkodást részesítik előnyben, melynek köszönhetően mikroelemekben, vitaminokban gazdag, ízletes, egészséges bioterméket kapunk.
Előfordulhat, hogy a termesztett növények és haszonállatok megbetegednek, őket is megtámadják vírusok, baktériumok, gombák és különböző állatok. Míg az intenzív mezőgazdaságban ilyen esetekben „irtó-„ és „ölőszer”-eket használnak, addig a biogazdaságokban a megelőzésre helyezik a hangsúlyt. (Például az azonos károsítók által veszélyeztetett növényeket nem szabad egymás után termeszteni – vetésforgó.)
Esetenként azonban előfordul, hogy szükség lehet egyéb védekezési eszközökre is. Ilyen esetekben csak olyan növényvédő szerek használhatók fel, melyek nem kerülnek be a növényekbe és káros szermaradékokat nem hagynak.
Az állatok megbetegedését, elhullását a bio állattartásban is meg kell akadályozni. A gyógyításban elsődleges a gyógynövények, a gyógyító ásványok, a homeopátia, az akkupunktúra alkalmazása, de ha ez nem segít, csak akkor szabad gyógyszereket, eljárásokat – korlátozott alkalommal – igénybe venni. Hozamfokozó hormonok, antibiotikumok nem használhatók.
A biotermék előállítást egy több éves átállási idő választja el a biotermék előállítástól, hogy a fogyasztók biztonsága még teljesebb legyen.
Adalék- és segédanyagok csak akkor alkalmazhatók, ha nélkülük az élelmiszer nem készíthető el, és ezek is csak olyanok lehetnek, amelyek közismerten, vitán felülállóan ártalmatlanok.
A biotermék előállítás egyetlen szakaszában sem szabad genetikailag módosított szervezeteket (GMO), és segítségükkel előállított anyagokat alkalmazni.